I slutet av 1998 började Botniabanan AB att bemannas med ledningsfunktioner och arbetet med bolagsadministration, kostnadskalkylering, tidsplanering och projektering påbörjades. Redan inan dess hade Trafikverket, dåvarande Banverket, och andra intressenter arbetat med att ta fram idé- och förstudier samt järnvägsutredningar.
Marklösen och miljöhantering kom igång på försommaren 1999.
I augusti 1999 kom produktionen igång. Produktionen var som mest intensiv år 2005 då det investerades nästan 270 MSEK per månad och antalet direkt engagerade i projektet uppgick till 1 650 st.
I augusti 2010 överlämnades hela botniabanan för kommersiell drift till Trafikverket.
