Under byggtiden har Botniabanan AB upphandlat cirka 130 större entreprenader utefter banans sträckning.
Alla entreprenadupphandlingar som har direkt anknytning till byggandet av järnvägen har gjorts som förhandlad upphandling enligt lag (2007:1092) om upphandling inom områdena vatten, energi, transporter och posttjänster, vilket betyder att beställaren inbjuder vissa prekvalificerade leverantörer att lämna anbud.
Vid upphandlingarna har inte enbart priset värderats. Faktorer som leveranssäkerhet, kvalitets- och miljöstyrning samt referenser från tidigare utförda projekt har utgjort viktiga parametrar vid utvärderingen.