En positiv sidoeffekt av Botniabanan är att den gav både anledning och ekonomiska möjligheter till arkeologiska utgrävningar utefter banans sträckning.
Utgrävningarna under byggtiden bekostades, enligt Kulturminneslagen, av Botniabanan AB. Dragningen av Botniabanan korsar äldre kommunikationsvägar och går genom nivåer på 5–200 meter över havet, vilket gör att såväl förhistoriska som medeltida lämningar och miljöer berörs.
Fornlämningarna bidrar till att ge en ny syn på hur stenåldern såg ut vid Ångermanlands kustland, som visar sig ha en mer långtgående och mer spännande historia än vad man tidigare visste.
Västernorrlands län
Bjästamon och Kornsjövägen
De omfattande utgrävningarna vid Bjästamon och Kornsjövägen pågick 1998 (förundersökning), 2001 - 2004. En populärvetenskaplig skrift finns utgiven om utgrävningen vid Bjästamon.
Resultatet av utgrävningarna presenteras i boken "Stenålders stationer - Arkeologi i Botniabanans spår" skriven av Per Gustafsson och Lars Göran Spång. Den är utgiven av Riksantikvarieämbetet och Murberget Länsmuseet Västernorrland.
Boken kostar 280 kronor och kan beställas via Riksantikvarieämbetets bokhandel www.arkeologiuv.se
Västerbottens län
Arkeologiska undersökningar längs Botniabanan i Västerbottens län gjordes 1999 - 2005.
Resultatet av utgrävningarna finns i skriften "Arkeologiska utredningar och undersökningar längs med Botniabanan i Västerbottens län 1999 - 2005" utgiven av Västerbottens museum 2007.