Bolagets investeringar är finansierade med lån och till viss
del även med EU-bidrag. Botniabanan AB har erhållit visst stöd genom EU: s program som rör gemenskapens finansiering av TEN (Trans-Europeiska Nätverk).
EU stödjer projekt av strategiskt viktiga transportstråk inom väg, järnväg, sjötransport och flyg. Syftet är att förbättra person- och godstransporter i Europa, och därmed bidra till att uppfylla EU: s övergripande målsättningar.
Vid utgången av 2010 hade drygt 174 Mkr i EU-bidrag utbetalats till bolaget.
I december 2009 beslutade riksdagen att utöka bolagets kreditram till 17 800 Mkr. Det innebar att produktion kunde bedrivas på hela bansträckan från Nyland till Umeå. Av kreditramen hade nästan 16,7 miljarder kronor utnyttjats vid årsskiftet 2010.
Amortering av upptagna lån skall ske under en 40-årsperiod från det att hela järnvägssträckan tagits i drift.