Bolagets organisation har varit uppdelad i ett antal skeden och processer som samverkat.
Ytterst ansvarig i bolaget är Vd/Projektchef Lennart Westberg.
Projekt Botniabanan har varit indelad i fem delprojekt. Fyra av dessa avser anläggningsarbeten som är geografisk uppdelade i fyra områden, medan järnvägsspecifika arbeten (BEST) omfattar hela sträckningen.