Från oktober 1998 fram till halvårsskiftet 2011 har uppgiften bestått i, att i projektform finansiera, detaljprojektera, upphandla, byggstyra och driftsätta Botniabanan. Från oktober 2008 har verksamheten utökats till att även omfatta uthyrning av överlämnad etapp till Trafikverket.
Från halvårsskiftet 2011 avvecklades projektverksamheten och en förvaltningsavdelning har tagit vid. Den kvarvarande organisationens dagliga verksamhet är att ekonomiskt och tekniskt förvalta Botniabanan AB:s tillgångar, skulder, rättigheter och förpliktelser.